Le virus Oropouche aurait infecté 9,4 millions de personnes, selon des scientifiques

Des recherches récentes montrent que le virus Oropouche s’est propagé bien au-delà des cas officiellement recensés, mettant en lumière d’importantes lacunes dans la surveillance épidémiologique.

Peu connu jusqu’à récemment, le virus Oropouche est devenu une préoccupation internationale après une épidémie majeure en 2023 au Brésil. Cette flambée a infecté des dizaines de milliers de personnes, provoqué le premier décès confirmé dans le pays, et dépassé son aire traditionnelle amazonienne.

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a appelé au développement rapide d’outils pour améliorer la surveillance, la prévention et la maîtrise de cette maladie.

Deux études publiées dans Nature Medicine et Nature Health estiment que le nombre de personnes infectées par le virus est bien supérieur aux chiffres officiels. En combinant modélisation mathématique, données historiques et analyses de banques de sang, les chercheurs évaluent à environ 9,4 millions le total des infections en Amérique latine et dans les Caraïbes depuis 1960, dont environ 5,5 millions au Brésil.

La maladie provoque de la fièvre et des symptômes similaires à ceux de la dengue. Dans certains cas, elle peut entraîner des complications graves, notamment des troubles neurologiques tels que la méningite et la méningoencéphalite, ainsi que la microcéphalie lorsqu’elle est transmise de la mère au fœtus.

« Nous faisons face à une maladie d’une ampleur bien plus importante qu’imaginée auparavant, ce qui nécessite une attention accrue. Nous estimons qu’un cas sur mille diagnostiqués évolue vers des complications graves comme des troubles neurologiques, la microcéphalie, des fausses couches ou des atteintes hépatiques, ce qui augmente la priorité en santé publique », déclare José Luiz Proença Módena, coordinateur du Laboratoire d’étude des virus émergents (LEVE) à l’Université d’État de Campinas (UNICAMP) et coauteur des études soutenues par la FAPESP.

Manaus, épicentre de la crise

Dans la ville de Manaus, principale agglomération de la région amazonienne, environ 300 000 personnes auraient été infectées entre 2023 et 2024, un chiffre près de 260 fois supérieur au nombre de cas confirmés. Les chercheurs notent que la prévalence des anticorps est passée de 11,4 % de la population en novembre 2023 à 25,7 % en novembre 2024, signe d’une transmission étendue.

« Manaus, capitale de l’État d’Amazonas, compte plus de deux millions d’habitants et est considérée comme la porte d’entrée de la région amazonienne. La sous-déclaration marquée s’explique par plusieurs facteurs, notamment la circulation silencieuse du virus avant qu’il n’atteigne les périphéries urbaines, avec de nombreux cas asymptomatiques ou bénins non diagnostiqués », explique William de Souza, professeur à l’Université du Kentucky aux États-Unis et coauteur de l’étude.

Ce schéma contribue à comprendre comment le virus Oropouche a atteint tous les États brésiliens et s’est propagé dans les pays voisins, poussant l’OMS à lancer une alerte internationale.

La situation est particulièrement complexe dans les zones isolées de l’Amazonie, où l’accès aux soins est lent et difficile. « Les patients dans ces régions doivent souvent parcourir plus de 24 heures pour atteindre un établissement médical, ce qui laisse probablement de nombreux cas non diagnostiqués, permettant au virus de circuler silencieusement jusqu’aux zones urbaines », ajoute Souza.

Les chercheurs ont constaté que le virus peut circuler de manière continue, souvent à des niveaux trop faibles pour être détectés par les systèmes classiques de surveillance. « Nous avons identifié deux grandes épidémies à Manaus : une dans les années 1980 et une autre en 2023, chacune ayant infecté plus de 12 % de la population », précise Módena.

Ils ont également observé que les personnes infectées dans les années 1980 pouvaient encore neutraliser la souche virale récente, suggérant une protection croisée durable qui pourrait orienter les futures stratégies vaccinales, selon Souza.

Le retour du virus en 2023 a confirmé sa large diffusion au Brésil. L’État d’Espírito Santo a enregistré le taux cumulé le plus élevé avec 318 cas pour 100 000 habitants. La région Sud-Est est devenue le principal foyer de transmission, représentant 57,9 % des cas déclarés.

Contrairement aux arbovirus mieux connus, le virus Oropouche est transmis par la mouche des sables Culicoides paraensis. La maladie est onze fois plus fréquente en milieu rural qu’en milieu urbain.

« Contrairement à Aedes aegypti, qui se reproduit dans l’eau stagnante, la mouche des sables pond ses œufs dans un sol humide riche en matière organique. C’est un insecte des zones humides, ce qui explique la prévalence des cas en milieu rural plutôt qu’en ville », détaille Souza.

« Historiquement, la maladie était associée aux plantations de bananes et de cacao, mais notre étude écologique montre que le problème réside dans les conditions de sol humide riche en matière organique. Des températures élevées et des précipitations favorisent aussi la propagation de la mouche », ajoute le chercheur.

Ce profil rural modifie les réponses sanitaires nécessaires. « La lutte contre cette maladie diffère de celle des autres arbovirus urbains. Les stratégies comme la fumigation dans les places ou rues pavées sont probablement inefficaces contre Oropouche. La mouche des sables ne vit pas dans les canalisations domestiques mais dans l’humidité des zones forestières et la végétation périphérique des villes », explique Souza.

La mouche des sables est environ trois fois plus petite qu’un moustique classique, pouvant traverser de nombreux moustiquaires. L’épidémie récente semble liée à plus que le climat : les chercheurs évoquent une nouvelle recombinaison virale.

Dans l’étude, ils ont identifié une nouvelle lignée virale issue d’un réassortiment génétique, un phénomène où deux virus différents infectent la même cellule. Ce mécanisme peut améliorer la réplication virale et compliquer la neutralisation par les anticorps issus d’infections antérieures, facilitant ainsi l’expansion du virus dans de nouvelles zones.

« La réémergence d’Oropouche montre que l’on ne peut pas combattre tous les arbovirus de la même manière, car la mouche des sables ne suit pas les mêmes règles qu’Aedes. Cela rend la surveillance actuelle insuffisante et sous-estime largement l’ampleur réelle de la maladie », souligne Módena.

Il insiste sur la nécessité d’étendre la surveillance au-delà des grands centres urbains. « Même si une immunité durable semble exister chez les personnes déjà infectées, la rapidité de propagation du virus dans tous les États brésiliens impose au système de santé de développer de nouveaux dispositifs de détection, notamment dans les zones éloignées des grandes villes », affirme-t-il.

Les auteurs appellent à une refonte des méthodes de suivi du virus Oropouche. Ils recommandent des études sérologiques continues, l’utilisation des banques de sang comme systèmes d’alerte précoce, ainsi que l’intégration d’outils numériques et génomiques pour surveiller les épidémies et mutations. Ils insistent aussi sur la décentralisation des tests en laboratoire et la mise en place d’une surveillance active et permanente combinant données environnementales, sérologiques et génomiques pour anticiper les risques et orienter les stratégies vaccinales.

Les deux études sont intitulées « Transmission dynamics of Oropouche virus in Latin America and the Caribbean » et « Ecological and demographic drivers of Oropouche virus transmission », publiées le 24 mars 2026 dans Nature Medicine et Nature Health. Elles ont été financées par le Conseil national pour le développement scientifique et technologique (CNPq), affilié au ministère brésilien de la Science, de la Technologie et de l’Innovation, l’Institut Todos Pela Saúde, les National Institutes of Health (NIH) des États-Unis, et la fondation britannique Wellcome Trust.