Le phénotypage précis affine la prédiction génétique de la surdité

Des chercheurs en audiologie clinique, chirurgie de l'oreille et oto-rhino-laryngologie ont démontré que le phénotypage de précision permet d'affiner la prédiction génétique de la perte auditive neurosensorielle. L'équipe était dirigée par Andie DeFreese, co-première autrice, audiologiste clinicienne et doctorante au sein du département des sciences de l'audition et de la parole de Vanderbilt Health.

L'objectif principal consistait à élucider l'architecture génétique sous-jacente à cette pathologie sensorielle. Selon DeFreese, la vision à long terme vise l'identification des patients susceptibles de développer une surdité avant même l'apparition des premiers symptômes.

Limites des codes diagnostiques actuels

La caractérisation précise d'un cas de perte auditive reste complexe, car elle implique la perception subjective du patient. Bien que des mesures physiologiques existent, les audiologistes doivent également saisir les nuances de l'expérience individuelle. Traditionnellement, les codes diagnostiques médicaux sont utilisés pour décrire ces pertes auditives.

Cependant, ces codes servent principalement à la facturation et ne capturent pas toujours la subtilité de chaque situation clinique. DeFreese souligne qu'ils constituent la donnée disponible dans les grandes biobanques génétiques facilitant ce type de recherche. Leur utilisation crée une zone grise où il devient difficile de définir avec exactitude qui souffre ou non de perte auditive.

Intégration des données audiométriques et génétiques

Les chercheurs ont anonymisé les informations issues de leur base de données audiométrique clinique afin de les intégrer à BioVU, la biobanque d'échantillons génétiques anonymes de Vanderbilt Health. Cette démarche a permis d'accéder aux données génétiques des participants consentants à l'étude.

En associant ces ressources, l'équipe a pu employer un phénotype plus précis pour la perte auditive, remplaçant ainsi les codes diagnostiques potentiellement inexacts. Avec un échantillon de 16 000 personnes, ils ont mieux découvert les variants génétiques associés à la surdité. Cette amélioration de la puissance prédictive met en lumière l'importance du phénotypage de précision, non seulement pour l'audiologie, mais aussi pour toutes les disciplines médicales adoptant cette approche de prédiction des risques.

Validation des scores de risque polygéniques

Les scientifiques ont appliqué des scores de risque polygéniques, développés à partir de phénotypes précis censés offrir une image plus nuancée de la perte auditive, aux données génétiques d'une nouvelle population. Ils ont constaté que les scores issus du phénotypage précis prédisaient mieux les individus atteints de surdité que ceux basés sur les codes diagnostiques.

DeFreese indique que cette méthode apporte des enseignements majeurs à différentes échelles. Pour la recherche en santé, la construction de biobanques soutenant le phénotypage de précision est cruciale pour la découverte. Concernant la perte auditive, cette approche améliore la prédiction du risque. À terme, cela pourrait permettre de développer des outils intégrables dans les dossiers médicaux électroniques ou les tests génétiques grand public, identifiant les patients à risque plus ou moins élevé de développer une surdité.

Perspectives cliniques et réglementaires

Les recherches futures chercheront à concevoir des systèmes capables de déterminer non seulement la présence d'une perte auditive, mais aussi sa configuration ou les fréquences affectées. DeFreese note que la nature des codes diagnostiques, utiles dans certains domaines mais incomplets ailleurs, positionne bien Vanderbilt Health pour évaluer des méthodologies comme le phénotypage précis, complémentaires aux pratiques standard.

La variabilité dans l'utilisation de ces méthodes entre les spécialités souligne l'importance d'inclure des cliniciens dans les équipes de recherche. Taha Jan, professeur adjoint en oto-rhino-laryngologie-chirurgie cervico-faciale et auteur correspondant, qualifie ce travail collaboratif d'essentiel alors que les opportunités d'avancement en santé auditive s'élargissent.

Jan exprime son enthousiasme face à cette étude dirigée par DeFreese, notant que la génétique gagne en pertinence pour la thérapie de précision. Il cite notamment l'approbation par la Food and Drug Administration de la première thérapie génique pour la surdité d'origine génétique. Ce projet illustre comment les cliniciens et scientifiques de Vanderbilt repoussent les frontières de la médecine de précision.

Les autres auteurs incluent Tanguy Rubat du Mérac, MSc, Quanhu Sheng, PhD, professeur associé en biostatistiques, et Srishti Nayak, PhD, professeure adjointe en oto-rhino-laryngologie-chirurgie cervico-faciale. La recherche a été financée par une bourse interdisciplinaire Vanderbilt Lacy-Fischer, une bourse de fellowship de l'American Otological Society et par le National Institute on Deafness and Other Communication Disorders, relevant des National Institutes of Health (subventions R03DC021550).