Une étude révèle l'évolution silencieuse d'une bactérie résistante, menace mondiale

Une étude récente dévoile les mécanismes qui ont permis à l'une des bactéries les plus résistantes aux antibiotiques de s'imposer discrètement dans les hôpitaux et de dominer l'épidémiologie mondiale.

Le groupe international dirigé par l'université East Anglia au Royaume-Uni, incluant des scientifiques de l'institut Quadram britannique ainsi que des universités du Canada et du Mexique, s'est appuyé sur des échantillons en laboratoire datant des années 1970 pour reconstituer l'histoire génétique de la bactérie Acinetobacter baumannii. Ce pathogène hospitalier est redouté par les systèmes de santé en raison de sa forte résistance aux traitements.

Les chercheurs ont constaté que cette bactérie n'est pas apparue soudainement comme une menace extrême, mais qu'elle a évolué et s'est adaptée progressivement sur plusieurs décennies. De petites modifications génétiques cumulatives lui ont permis de résister à la majorité des antibiotiques disponibles.

Le Dr Benjamin Evans, chercheur principal à la Norwich Medical School de l'université East Anglia, a expliqué que les bactéries responsables d'infections humaines peuvent s'adapter aux antibiotiques, réduisant ainsi leur efficacité. Il a précisé que leur équipe s'est concentrée sur ce type particulier car il prospère dans les milieux hospitaliers et provoque des infections difficiles à traiter, notamment chez les patients vulnérables.

Selon lui, comprendre comment ce microbe est devenu une menace d'une telle ampleur est essentiel pour freiner sa propagation, bien que les événements génétiques à l'origine de son succès restaient jusqu'à présent obscurs.

La recherche a montré que l'évolution de la bactérie s'est déroulée en vagues successives, chaque vague donnant naissance à des souches plus résistantes que la précédente. Ce processus illustre de manière claire comment la résistance s'accumule progressivement avant qu'un renversement brutal ne favorise le pathogène.

Les scientifiques affirment que cette bactérie « super-résistante » s'est « fabriquée » sur plusieurs décennies et continue d'évoluer.

Pour parvenir à ces conclusions, l'équipe a rassemblé un ensemble unique de 226 échantillons bactériens datant des années 1970 au début des années 2000. Ils les ont cultivés en laboratoire, extrait leur ADN et séquencé leur génome grâce à la technologie avancée « Oxford Nanopore ».

Pour obtenir une vision globale, les chercheurs ont intégré ces génomes historiques à plus de mille génomes contemporains provenant de six continents. Ils ont comparé 1281 chromosomes au total, ce qui leur a permis de construire un arbre évolutif détaillé ainsi qu'une analyse exhaustive des gènes de résistance aux antibiotiques, retraçant leur apparition, disparition et recombinaison au fil du temps.

En corrélant les mutations génétiques avec les dates et lieux des échantillons, l'équipe a pu identifier quand les principales caractéristiques de résistance sont apparues et comment elles se sont répandues à l'échelle mondiale. Ils ont conclu que la bactérie n'a pas émergé soudainement comme une menace extrême, mais a progressivement pris le dessus, devenant la souche la plus répandue de son genre dans le monde dès 2005.

Le point clé identifié est une étape critique où la bactérie a acquis deux éléments génétiques majeurs, dont un gène appelé oxa23, conférant une résistance aux antibiotiques puissants. Ce gène a renforcé sa capacité à survivre face aux traitements et a rendu son élimination plus difficile.

L'étude révèle que cette bactérie ne constitue pas une souche unique homogène, mais se divise en au moins quatre groupes distincts, chacun suivant un parcours évolutif propre. Trois de ces groupes montrent une évolution progressive, comparable à une course aux armements génétique lente contre la médecine moderne. Le quatrième groupe, en revanche, semble s'être séparé indépendamment et est détecté de plus en plus fréquemment dans les échantillons récents, suscitant des inquiétudes quant à l'apparition possible d'une variante plus récente et potentiellement mieux adaptée.

Les chercheurs insistent sur l'importance de ces résultats pour orienter les politiques actuelles et futures d'utilisation des antibiotiques, en particulier face à des bactéries comme Acinetobacter baumannii qui représentent une menace grave pour les systèmes de santé mondiaux. Ils avertissent de la nécessité urgente de développer de nouvelles stratégies pour lutter contre cette bactérie, sous peine de voir les infections qu'elle cause devenir incurables.